いつのバージョンからかは知らないけど、少なくとも僕の持ってるバージョン（23.0.60.1）では、"C-x f"時のエンコーディング設定で「with-signature」というのを選べば、BOMをつけることができる。UTF-8Y(LF)の場合は「utf-8-with-signature-unix」。たまた…